Il regno di Ferdinando II (1830–1859) si può dividere in due periodi: fino al 1848 il re governò con equilibrio e saggezza. Cercò di recuperare un ampio consenso tra gli intellettuali condonando o riducendo le pene dei liberali incarcerati dopo i moti del 1821, reintegrando gli ufficiali del periodo murattiano che erano stati epurati e consentendo il rientro dall’esilio di molti liberali. Rimosse i ministri e i funzionari corrotti sostituendoli con uomini di sua fiducia, onesti e competenti con l’aiuto dei quali avviò il risanamento del bilancio dello Stato. Mantenne bassa la pressione fiscale. Compì molti viaggi nelle diverse province per conoscere il territorio e presentarsi come sovrano vicino ai suoi sudditi, che infatti lo accolsero calorosamente ovunque, anche in Sicilia. Avviò la riorganizzazione di un esercito forte, addestrato in modo professionale, che potesse essere usato per mantenere l’ordine interno senza la necessità dell’aiuto di eserciti stranieri (come era stato per suo nonno in occasione dei moti del 1821). Cercò di sviluppare i commerci, facendo ampliare molti porti delle coste pugliesi, campane e siciliane e potenziando la marina commerciale con la costruzione di nuove navi. Diede avvio alla realizzazione di una rete ferroviaria. Sorsero molte nuove industrie, soprattutto siderurgiche e tessili, anche se occorre dire che in molti casi si trattava di investimenti inglesi, francesi, svizzeri, perché i possidenti meridionali continuavano a preferire gli investimenti in proprietà terriere. Il sovrano d’altronde adottò in alcuni momenti una politica protezionista che scatenò ritorsioni commerciali da parte dell’Inghilterra. Per esempio entrò in conflitto con le imprese inglesi a cui tolse l’appalto esclusivo per l’estrazione dello zolfo nelle miniere siciliane, per favorire la Francia. Di fronte alla negativa reazione inglese e anche al ritrarsi della Francia il re dovette ritirare il provvedimento. Le scelte di politica economica indussero preoccupazioni e diffidenza negli investitori stranieri e contribuirono comunque all’isolamento internazionale, dato che nel resto d’Europa prevaleva ormai il liberismo.

Il consenso popolare d’altronde era meno completo di quanto il re potesse sperare: nel 1833 a Napoli era stata sventata una congiura per uccidere il re, dal 1833 al 1839 in Calabria aveva agito un gruppo affiliato alla Giovane Italia e guidato da Luigi Settembrini. Nel 1841 c’era stato un tentativo insurrezionale a L’Aquila.

Quando nel 1848 scoppiarono moti liberali a Palermo e in tutta la Sicilia, il re accettò in un primo tempo l’elaborazione di una Costituzione, tentando una politica di conciliazione con i liberali moderati. I moti si estesero anche nella parte continentale del regno e il re giurò sulla Costituzione e si adattò a partecipare alla guerra contro l’Austria (Prima guerra d’indipendenza). Ci furono però gravi contrasti tra i patrioti moderati e quelli più radicali e il re ritirò le proprie truppe dalla guerra contro l’Austria. Dopo un tentativo fallito di conciliazione anche con gli indipendentisti siciliani inviò l’esercito che stroncò la rivolta e riconquistò Palermo.

La Costituzione fu sospesa e il re diede avvio a una repressione generalizzata dei patrioti: duemila imprigionati in condizioni disumane, tanto che il politico inglese William Ewart Gladstone, che aveva soggiornato per alcuni mesi a Napoli tra la fine del 1850 e i primi mesi del 1851, scrisse due lettere al primo ministro inglese in cui definiva il Regno delle Due Sicilie la «negazione di Dio», proprio in riferimento alle condizioni delle carceri. I governi francese e inglese ritirarono i propri ambasciatori nel 1856: l’isolamento diplomatico si sarebbe rivelato fatale nei mesi della Spedizione dei Mille.

Mentre nel Regno di Sardegna Cavour riorganizzava lo Stato preparandolo allo scontro con l’Austria, nel Meridione si susseguivano nuovi tentativi insurrezionali dei mazziniani: nel 1844 la spedizione dei fratelli Bandiera, nel 1856 un attentato fallito al re, nel 1857 la disastrosa spedizione di Carlo Pisacane a Sapri.

Ferdinando II morì nel maggio del 1859 lasciando il trono al figlio Francesco II. Questi era uomo mite e molto pio. Regnò per poco più di un anno e prese provvedimenti che gli procurarono la simpatia di molti popolani: dimezzò le tasse sul macinato e ridusse le imposte doganali, fece donazioni di grano per alleviare la carestia. Durante le prime settimane della Spedizione dei Mille tentò un accordo con Vittorio Emanuele II, che era suo cugino, ma questi rifiutò. La moglie, Maria Sofia di Baviera, sorella di Elisabetta d’Austria (la famosa imperatrice Sissi), aveva un carattere più determinato ed energico e assunse via via un ruolo sempre più importante nella politica del regno anche durante le vicende militari determinate dalla spedizione di Garibaldi, soprattutto durante l’assedio di Gaeta, in cui entrambi i sovrani diedero prova di coraggio e valore.