La ferita al malleolo apparve subito grave. Garibaldi fu trasportato a braccia su una barella di fortuna in direzione della costa. Nella notte dormì nella capanna di un pastore mentre la febbre cominciava a salire. Il giorno dopo, raggiunta la costa, chiese di essere imbarcato su una nave inglese, ma non gli fu concesso. Si rese conto di essere un prigioniero e come tale fu imbarcato su una nave da guerra italiana diretta al carcere di La Spezia, insieme a Menotti, una decina di ufficiali e tre medici. Alla sua partenza assisté lo stesso Cialdini, che non si degnò neppure di salutare il vinto.
Dei circa 3000 volontari guidati da Garibaldi, solo alcune centinaia riuscirono a fuggire. Gli altri furono arrestati e imprigionati. Tutti loro e lo stesso Garibaldi vennero amnistiati alla prima occasione possibile: il matrimonio di Maria Pia di Savoia, figlia di Vittorio Emanuele II, con il re del Portogallo il 5 ottobre 1862.
Per molti mesi i migliori medici italiani e stranieri cercarono di curare la ferita al piede del Generale, che non guariva perché non si era riusciti a estrarre la pallottola e quindi continuava a suppurare, dando dolori e febbre alta. Si voleva a tutti i costi evitare l’amputazione. Finalmente, alla fine di novembre l’operazione di rimozione della pallottola riuscì e Garibaldi poté tornare a Caprera, anche se le conseguenze della ferita gli rimasero per il resto della vita, complicando la grave artrosi di cui soffriva. In ogni caso la ferita al piede, le lunghe e dolorose cure e la difficile guarigione accrebbero ancor più la fama del Generale: la pallottola, lo stivale, le foto del malato e dei suoi medici entrarono a far parte degli oggetti su cui si costruiva il suo mito.