Manin fu messo a capo del governo provvisorio e il 22 marzo a piazza San Marco proclamò la Nuova Repubblica veneta di San Marco.
Manin era di tendenze federaliste e repubblicane, ma quando Carlo Alberto entrò in guerra contro l’Austria, molti all’interno del governo provvisorio spinsero per la fusione con il regno dell’Alta Italia, che fu ratificata dall’assemblea il 4 luglio 1848. Anche Manin invitò i più fedeli repubblicani ad accettare la fusione e si dimise da presidente, in attesa dell’arrivo dei rappresentanti del re piemontese.
Ma la guerra finì con una sconfitta e con l’armistizio Salasco del 9 agosto, per cui Venezia fu abbandonata dai piemontesi. Ma la Repubblica di San Marco non volle arrendersi e in questa situazione disperata, Manin assunse la dittatura per quarantotto ore e poi fece parte del triumvirato che guidò la città nei mesi seguenti, quando Venezia fu messa sotto assedio dall’esercito austriaco. Manin guidò il governo rivoluzionario con competenza e fermezza e invitò il popolo a resistere nonostante la mancanza di cibo, i bombardamenti e l’epidemia di colera. Quando la situazione si fece insostenibile e Venezia alla fine si arrese, Manin con altri dovette partire per l’esilio.
Si recò allora a Parigi dove poté inserirsi facilmente tra le fila dei democratici, anche per la fama che aveva acquisito con l’eroica resistenza della Repubblica di San Marco. Intrattenne rapporti con gli intellettuali dell’epoca e partecipò al dibattito politico sull’unità nazionale italiana, spostandosi lentamente dalla posizione repubblicana a una in cui riconosceva alla monarchia piemontese un ruolo indispensabile per arrivare all’unificazione dell’Italia. Contribuì quindi a fondare la Società Nazionale Italiana che nacque a Torino nell’agosto 1857 con l’obiettivo di fornire un’organizzazione di sostegno al movimento per l’unità d’Italia guidata dal Piemonte. Il vero ispiratore della Società Nazionale era Cavour, che voleva avere un’associazione monarchica dove far confluire l’entusiasmo dei volontari di tutta la penisola che fino a quel momento erano stati guidati dai repubblicani.
Manin morì a Parigi il 22 settembre 1857, ma il suo corpo poté ritornare a Venezia solo nel 1868, due anni dopo la fine della Terza guerra d’indipendenza.
Due foto, tra le prime che furono realizzate con questo strumento da poco inventato, rappresentano l’arrivo del feretro al molo di Venezia e la cerimonia funebre in piazza San Marco.