Il nuovo re per prima cosa riprese la politica di ammodernamento amministrativo, militare, giudiziario e tributario iniziata dalla Repubblica partenopea. Diede avvio a provvedimenti di riforma del latifondo e a opere pubbliche. I provvedimenti però furono a volte affrettati, modellati sulla legislazione francese e, in un Meridione con strutture ancora largamente feudali, risultavano estranei alla società. Murat, d’altra parte, era un generale e passò buona parte del suo regno in armi, al seguito del cognato. Affidò il governo del regno ai ministeri istituiti, ciascuno con un cospicuo numero di funzionari. Nonostante il tentativo di coinvolgere almeno i notabili del regno nelle nuove istituzioni, l’estraneità della popolazione e l’appoggio critico di molti intellettuali (tra cui Pietro Colletta, che pure era di idee illuministe) sfociò in diffuso malcontento e nella creazione di molte bande di briganti. La risposta di Murat fu una dura repressione del brigantaggio affidata al generale Manhès che in tre anni stroncò il fenomeno con circa tremila morti ed episodi di ferocia inaudita. Gli ultimi mesi del regno di Murat furono convulsi: dopo la sconfitta di Napoleone nella campagna di Russia, Gioacchino Murat tentò di salvare il proprio regno e nel 1814 sottoscrisse un trattato con l’Austria. Tentò poi di presentarsi come paladino di una possibile unificazione degli italiani nel famoso proclama di Rimini (30 marzo 1815). Tutto vano: Murat fu sconfitto dagli austriaci a Tolentino e poi a Pizzo Calabro dove fu fucilato il 13 ottobre 1815.

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