Appena Mameli morì, data la sconfitta dei repubblicani, il suo corpo fu deposto frettolosamente nel cimitero sotterraneo di una chiesa romana dove rimase fino al 1871, quando, finita la dominazione papale sulla città, le autorità ecclesiastiche concessero l’esumazione. A questo punto, però, era il nuovo governo italiano a non volere una cerimonia pubblica: Mazzini era ancora braccato come terrorista, la corrente repubblicana era malvista, le tensioni politiche erano molto forti. Il corpo quindi fu deposto a Roma nel cimitero del Verano con un funerale civile alla presenza di molti compagni d’armi che cantarono il suo inno tra il disappunto dei pochi rappresentanti del governo. Nel 1891, il governo decise di erigere sul Gianicolo un monumento a Garibaldi, ma rifiutò di far costruire accanto al monumento un sacrario per i caduti per l’unione di Roma all’Italia. Allora Alessandro Guiccioli, figlio di un ministro della Repubblica Romana del 1849, fece costruire a sue spese un monumento funebre dove vennero deposte le spoglie di Mameli.
Nel 1941, per sostenere la propaganda antifrancese, Mussolini fece riesumare nuovamente le spoglie dell’eroe per trasferirle all’Altare della Patria e, nell’attesa del termine dei lavori, le fece portare nella chiesa di San Pietro in Montorio, poco sopra la fossa in cui erano stati collocati i resti dei caduti della Repubblica Romana. Ancora oggi si trovano lì.